MS-06Sは一般機（MS-06F）を元に、指揮官やベテランパイロット用に推力などを増した機体です。 また、指揮官はパーソナルカラーに塗装する事が許されており、この機体は赤い彗星の名の通り全身を赤系統で塗装しています。 シャア・アズナブルは、類希なその操縦能力でザクIIの性能を限界まで引き出し、一般機（MS−０６F）と指揮官機の違いがあるとはいえ、「通常の3倍のスピード」と恐れられた程の速さでザクIIを乗りこなしました。
